Локальные очистные сооружения большинства промышленных предприятий производят очистку воды в несколько стадий. Первые стадии механической очистки необходимы для обеспечения надежной и бесперебойной работы последующих - более тонких и дорогостоящих (например, напорной и реагентной флотации). Одной из финальных ступеней очистки воды является биологическая очистка. Данный метод обеспечивает обезвреживание сточных вод с помощью микробиальных процессов распада и минерализации органических веществ. Загрязняющие вещества в сточной воде пищевых производств содержатся в виде коллоидов и суспензий. Принцип биологической очистки основан на использовании процессов жизнедеятельности бактерий, для которых загрязняющие вещества сточных вод являются пищей. Процесс очистки в биологических очистных сооружениях занимает до 30 часов, и живые организмы нуждаются в тепле и доступе воздуха 24 часа в сутки и 365 дней в году. Поэтому билогическая очистка - самый дорогостоящий способ.

Очистка сточных вод по одному из биологических методов (близкому к естественному) происходит за счет просачивания загрязненной воды через почву. Для этих целей создаются поля орошения и поля фильтрации, а также создаются специальные биологические пруды с проточной водой. Обеспечение бактерий кислородом происходит за счет естественной - или, во втором варианте - механической, аэрации толщи воды.

Искусственная аэробная очистка происходит в специальных аппаратах: аэротенках. Аэротенки представляют собой аэрируемые резервуары большой емкости, в которые вводится большое количество аэробов - микроорганизмов, дышащих кислородом воздуха (в отличие от анаэробного ила, который без доступа воздуха производит биодеградацию концентрированных сточных вод путем метанового сбраживания).

В какой-то мере технологический процесс биологической очистки напоминает естественное самоочищение водоемов, только здесь процесс протекает более интенсивно благодаря применению современных технологий. Для интенсификации и ускорения массообмена, бактерии иммобилизуются на пластиковой загрузке с развитой поверхностью. Этот прием позволяет сократить габариты биологических очистных сооружений. Кроме того, используется метод автоматической аэрации сточной воды.  Наши аэротенки оснащаются датчиками растворенного кислорода, по сигналу которых происходит включение/выключение воздуходувок, что  позволяет сэкономить до 40% электроэнергии на их привод.

Стандартная аэробная очистка не способна достигнуть уровня ниже БПК_п=10мгО₂/л, и для доочистки стоков до норм сброса в водоемы, нами применяются биореакторы - емкости с прикрепленной микрофлорой и принудительной аэрацией. Загрузкой в этом случае становится модифицированное синтетическое волокно с развитой удельной поверхностью, причем ее фильтрующая эффективность сопоставима с песчаными фильтрами.

Еще один вариант - доочистка на биофильтре. Он, в свою очередь, является аналогом фильтрации с помощью почвы, только почва в данном случае заменяется специальными фильтрующими материалами, чаще всего состоящими из щебня или пластмассы, на которых выращивается "пленка" из микроорганизмов. В биофильтрах процесс доочистки происходит не в объеме, а на поверхности пленки путем естественной аэрации. Такой способ эффективен для малых объемов сточных вод (для большого объема понадобится значительная площадь для размещения такого фильтра).

Биологическая очистка - эффективный способ для достижения уровня российских требований при сбросе стоков в водоемы рыбо-хозяйственного назначения. Следует отметить, что европейские нормы сброса сточных вод в водоемы и на рельеф на порядок мягче российских: БПК_п=20мгО₂/л - для стран Евросоюза; и БПКп=3мгО₂/л - для РФ.

Финишной стадией очистки стоков после биоочистки является обеззараживание очищенной воды перед ее непосредственным сбросом в водоем.